国家保安機構の影なるエージェント、九人目の忍人（シノビート）ジーンナイン/ヒメは、相棒・サヨとともに歴史の闇に葬られた復讐と国家転覆に燃えるサイモン一族との、謎のエネルギー・テンブライドを巡る戦いの渦中にいた。二人がテンブライド反応の調査に向かった先には、サイモンの妖しい罠が待ち受けているのだった。